Jan is getrouwd met Sytske Koopal op 17 mei 1879 in Leeuwarderadeel. Sytske (dochter van Sjoerd Martens Koopal en Tjitske Tjisses Kuipers) is geboren op 9 jun 1855 in Het Bildt; is gestorven op 9 dec 1897 in Jelsum. [Gezinsblad] [Familiekaart]

1. Doetje Wagenaar is geboren op 16 okt 1879 in Ferwerderadeel; is gestorven op 1 aug 1955 in Menaldumadeel.
2. Sjoerd Wagenaar is geboren op 6 sep 1882 in Leeuwarderadeel; is gestorven op 6 jul 1899 in Franeker.
3. Tjitze Wagenaar is geboren op 4 jul 1885 in Leeuwarderadeel.
4. Tjitske Wagenaar is geboren op 18 feb 1893 in Leeuwarderadeel.